Na eleição, ocorrida em 2000, Joãozinho saiu vitorioso e foi eleito pelo povo que acreditou nas suas propostas como o prefeito mais jovem do Brasil, com 23 anos. É o início de uma carreira política promissora e cheia de ideias. Todas elas colocadas em prática durante dois mandatos consecutivos. Período este que se estendeu de 2001 a 2004 e com a reeleição de 2005 a 2008.
 
Os oito anos de mandato de Joãozinho foram fundamentais para a transformação de Teotônio Vilela, que deixou de ser uma cidade com um dos piores índices de mortalidade infantil, de precária infraestrutura, saúde, educação e carente de cultura e lazer, para ter o reconhecimento de organismos internacionais, nacionais e estaduais e principalmente o orgulho da população daquele município.
 
Quando prefeito, Joãozinho Pereira fez muitas parcerias para conquistar o desenvolvimento da cidade. A mais notória e marcante foi a parceria com a Pastoral da Criança no combate à mortalidade infantil.
 
O ministro José Serra, que àquela época foi considerado o melhor ministro de Saúde do mundo, fez questão de lançar regionalmente em Teotônio Vilela o Bolsa Alimentação, programa voltado para o auxílio na alimentação das crianças e das mães dos recém-nascidos, em reconhecimento ao trabalho de Joãozinho no combate à mortalidade infantil.